Sie boten neben den Beichtstühlen in der Kirche zusätzliche Möglichkeit zum Empfang des Bußsakraments, wenn zahreiche Gläubige – insbesondere an den Festen der Skapulierbruderschaft – die Kirche besuchten. Das Kircheninnere beeindruckt durch eine einheitlich barocke Ausstattung: Der um 1700 stuckierte Chorraum bietet dem gleichzeitig entstandenen Hochaltar einen prächtigen Rahmen; in der Nische des Hochaltars befinden sich eine Marienfigur mit dem Jesuskind, von Engeln umgeben, darunter Johannes der Täufer (links) und der hl. Emmeram (rechts). Im Chor rechts erinnert ein großes Epitaph an Johann Wolfgang von Muggenthal (gest. 1666) und seine Frau Polyxena, geb. von Schurf (gest. 1658); das Epitaph besteht aus zwei von Rotmarmor-Pilastern umrahmten Reliefs aus Solnhofer Stein, von denen das obere die Auferstehung Christi und das untere die Verstorbenen mit zehn Kindern zeigt.
Decke und Wände des Langhauses sowie die Brüstungen der Doppelempore sind mit Bandwerkstuck geschmückt; an den Wänden bilden diese Stukkaturen den Rahmen für große, um 1730 gemalte Ölbilder mit Passionsdarstellungen. Die beiden Seitenaltäre stammen ebenfalls aus der Barockzeit (um 1720); das Altarblatt des linken Altars mit der Darstellung der Enthauptung der hl. Barbara wurde laut Signatur allerdings erst 1764 vom Neustädter C. Fröhlich gemalt. Aus Vorgängerbauten der heutigen Barockkirche haben sich ein romanischer Taufstein (beim linken Seitenaltar) und eine schöne, um 1470 entstandene spätgotische Madonna (an der linken Langhauswand) erhalten.